Familiefilm naar het beroemde boek van Fabricius over drie jongens die op weg naar Java spannende avonturen beleven aan boord bij schipper Bontekoe

Hajo wil naar zee als scheepsjongen op het schip van schipper Bontekoe. Het lukt zijn moeder niet om hem thuis te houden. Padde, het onhandige vriendje van Hajo, kan geen afscheid van hem nemen. Hij springt vlak voor het vertrek aan boord, valt in slaap en wordt pas wakker als ze al op zee zijn. Aan boord sluiten Hajo en Paddde vriendschap met Rolf, een jongen die al kan lezen en schrijven. Op hun tocht naar Oost beleven ze samen met schipper Bontekoe veel spannende avonturen. Als na een brand aan boord het hele schip de lucht in vliegt weten Hajo, Padde en Rolf aan boord van een sloep te komen. Schipper Bontekoe lijkt te zijn verdronken. Dagenlang dobberen ze op zee rond, zonder eten, zonder drinken. Zullen ze Batavia ooit bereiken?

De Friese regisseur Steven de Jong oogstte grote successen met De Schippers van de Kameleon en Kameleon 2, naar de boekenreeks van Hotze de Roos. Met De Scheepsjongens van Bontekoe verfilmt hij opnieuw een bekend boek, maar de productie is dit keer vele malen groter. Het epische verhaal van Johan Fabricius bewerkte De Jong samen met Mischa Alexander (Sportman van de eeuw). Er lag een zware taak om de juiste jonge acteurs te vinden voor de hoofdrollen van Hajo, Rolf en Padde. Dat werden uiteindelijk Pim Wessels, Martijn Hendrickx en Billy Zomerdijk. Daarnaast kon De Jong rekenen om een aantal oude rotten in het vak, zoals Cees Geel, Thomas Acda, Jack Wouterse, Mads Wittermans en Peter Tuinman als schipper Bontekoe. Het resultaat is een avontuurlijke familiefilm, die vanwege een aantal heftige scènes een afwijkende kijkwijzer van 9 jaar en ouder heeft gekregen.